“补充协议”是相对于已经存在的合同而言的，“协议补充”就是通过协议方式补充已经存在的合同中存在的漏洞。因此，已经存在的合同与“补充协议”之间是主从关系。已经存在的合同是主合同，“补充协议”是从合同。已经存在的合同作为主合同不以“补充协议”的存在为前提，或者说不受“补充协议”的制约而独立存在。反之，“补充协议”必须以已经存在的合同的存在为前提，自身不能独立存在。
尽管“补充协议”相对于主合同而言没有独立性，但是其本身也是协议。因此，“补充协议”的成立和生效与主合同的成立和生效的依据相同。
《合同法》第61条规定：“合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充。”据此，只有主合同生效，因质量、价款等没有约定或者约定不明确造成履行困难的情形下，才能通过“协议补充”没有约定或者约定不明确的事项，以利于主合同的履行，从而实现当事人订立主合同的目的。
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