建设工程合同纠纷中有关工程款纠纷案件，在目前的司法实践中主要存在以下八大疑难问题：
1、对严重拖欠工程款的背景下，作为最底层的农民工工资如何保护;
2、一个项目先后签订几份合同即黑白合同，应以什么作为计价依据;
3、拖欠工程款应计取利息，利息应如何计取;
4、拖欠工程款可以顺延工期，凭什么可顺延，顺延应具备什么条件;
5、垫资是否违法，如何准确认定，应如何处理;
6、发包人迟迟不确认工程结算应以什么作为处理依据;
7、造价鉴定应如何把握，鉴定结论是否自然可作为判决依据;
8、审计报告和结算协议发生矛盾，应以何为准。
针对上述疑难问题,法律上的应对策略包括：
一、用连带责任制度对农民工工资给予特殊保护
拖欠农民工工资是拖欠工程款派生的直接影响社会稳定的大问题，而且农民工工资问题还往往因为工程转包或不规范分包使问题更加复杂。在立法层面，农民工工资问题的合同载体劳务合同，甚至在目前建设工程法律框架中没有任何法律、法规有所涉及。对于农民工的拖欠工资问题，司法解释第29条对农民工工资问题作出特别的保护性规定：“违法分包合同和转包合同被确认无效，实际施工人与发包人已全面实际履行合同并形成事实上的权利义务关系，实际施工人向发包人主张权利的，人民法院应当支持。实际施工人以分包人、转包人和发包人为共同被告起诉的，请求承担连带责任的，应予支持。”司法解释作出这样的规定，可以从我国《民事诉讼法》第97条寻找到依据。该法条规定：“人民法院对下列案件，根据当事人的申请，可以裁定先予执行：(一)追索赡养费、抚养费、抚育费、抚恤金、医疗费用的;(二)追索劳动报酬的;(三)因情况紧急需要先予执行的。”本人认为司法解释对解决农民工工资作这样的规定有法律依据。此外，针对实践中与农民工工资直接相关的劳务合同，司法解释第7条还规定：“当事人主张总承包人、分包人与具有劳务作业法定资质的劳务作业承包人签订的劳务作业分包合同性质为转包合同;请求确认无效的，不予支持。”这一条司法解释的相应规定，事实上确认了劳务合同的合法性。至于劳务合同与转包合同的区别，主要视这两种合同指向的标的。劳务合同仅涉及人工费，不涉及分包工程;转包合同不仅涉及劳务，更主要的是合同指向的标的是分包的工程。从技术层面分析，劳务合同只计算人工报酬，一概只包人工;而转包合同计算的是分包工程的价款，是包工又包料的承包形式。
二、黑白合同以中标备案合同的计价标准为结算依据
目前司法实践中又一个突出的矛盾是承发包双方当事人就一个工程在中标前后签订两份或两份以上合同，而数份合同的计价方式各不相同，在施工过程中双方往往实际履行的是未经中标备案的黑合同。对此类情况，不少办案法官无所适从，判案思路各不相同。司法解释第23条对此作出统一规定：“当事人就同一建设工程再行订立与中标合同的实质性内容不一致的其他合同，应以中标并经备案的合同作为结算工程款依据。”司法解释仅对黑白合同的工程款的结算依据问题作出统一规定，这对黑白合同在司法实践中的主要矛盾已经开出了最有用的药方，有助于此类疑难案件的切实解决。
至于黑白合同的不同表现以及评判标准，黑白合同主要有以下三种情况：第一、依法应招投标的工程，以是否通过招投标来判断黑白合同;第二、地方政府对工程合同有备案或审批规定的，以是否经过备案或审查来判断黑白合同;第三，不属于上述两种情况，当事人先后签订了两份内容不一的合同,以是否实际履行来判断。针对上述三种不同情况，应准确依照法律的有关规定认定其效力，第一，如果这个合同是必须招标而没有招标的，出现了黑白合同，以经过招投标的为准。第二，合同按照政府规定应当经过备案的，先后签了两份合同，一份是备案的，一份是没有备案的，以备案的合同为准。第三，先后签订的两份合同，不属于前面有特定要求的，那么，两份合同当中，以实际履行的合同为准。这就是评判黑白合同的效力标准。
三、拖欠工程款应计利息，起算时间按不同情况计取
在审理拖欠工程款案件中的另一个具体问题，是被拖欠的工程款应如何计算利息。由于承包人的履约管理以及资料积累方面存在的缺陷，在司法实践中往往难以确定拖欠工程款从何时开始，利息计算的起始时间同时成为审判中的一个难题。司法解释第21条对此作出明确规定：“合同对拖欠工程款利息没有约定，发包人应当按照中国人民银行发布同期同类贷款利率向承包人支付拖欠工程款利息。利息自约定付款次日起算。没有约定付款时间或者按照约定难以确定付款时间的，利息自合同约定的工程款结算之日起算。难以确定工程款结算时间的，以工程交付次日起算。”
同时，对于垫资承包工程的，司法解释第6条规定：“合同对垫资和支付垫资款利息有约定，承包人主张发包人按照约定支付垫资款本息的，应予支持。合同对垫资利息没有约定，承包人主张发包人支付利息的，不予支持。合同没有约定垫资，发包人未支付的款项按照工程款处理。”司法解释对拖欠工程款的利息计算，用两条司法解释对5种不同情况作了不同规定，已经能够适应审理此类不同案件不同的实际情况。
四、拖欠工程款可顺延工期，但承包人必须事先发过书面催告
催讨工程款案件还普遍存在一个复杂问题：承包人因拖欠工程款提起诉讼，发包人往往以工期逾期为由提出反诉，动辄提出数百、数千万的逾期赔偿，其目的是抵销承包人的诉讼请求;而承包人以发包人逾期付款工期可以顺延为由进行反诉抗辩，司法实践中却往往得不到法官的支持，原因是法官的自由裁量权缺乏统一的操作规矩。《合同法》规定承包人可顺延工期的法条共有三条。《合同法》第278条规定：“隐蔽工程在隐蔽以前，承包人应当通知发包人检查。发包人没有及时检查的，承包人可以顺延工程日期，并有权要求赔偿停工、窝工等损失。”《合同法》第283条规定：“发包人未按照约定的时间和要求提供原材料、设备、场地、资金、技术资料的，承包人可以顺延工程日期，并有权要求赔偿停工、窝工等损失。”《合同法》第284条规定：“因发包人的原因致使工程中途停建、缓建的，发包人应当采取措施弥补或者减少损失，赔偿承包人因此造成的停工、窝工、倒运、机械设备调迁、材料和构件积压等损失和实际费用。”问题是这三条规定对顺延工期使用的词语都是“可以”。就法律意义而言，“可以”是一个任意性的模态词，对《合同法》上述三条法律规定的事由，法官有权根据案件实际情况进行自由裁量，可以判决顺延工期，也可以判决不顺延工期。至于法官应根据什么作为标准进行裁量，法律本身并无规定。
针对法官对是否顺延工期的自由裁量权过大的弊端，司法解释第17条对此作出统一规定：“发包人违反合同法第278条、283条和284条规定，承包人应当及时书面催告发包人在合理期限内履行义务。发包人在合理期限内未履行义务，承包人有权要求发包人赔偿因此造成的停工、窝工等损失，并相应顺延工期。”有了这样的统一执法尺度，司法解释颁布施行之后，承包人及时发出书面催告即办理顺延工期签证，将成为企业合同履约管理的重要内容，同时也成为关于要求在拖欠工程款等事由的前提下顺延工期能否得到支持的分水岭。
五、垫资作有效处理，成为统一的执法标准
在工程款拖欠的案件中，另一个重大争议是垫资承包工程的合法性问题。司法实践中，各地、各级人民法院在此类案件处理时，都有自己的标准。垫资承包工程的统一的合法性标准已经成为一个亟待解决的疑难复杂问题。
实际情况是，施工中承包人垫资带资施工已在操作中很普遍，有的工程甚至已经全额垫资。问题是，由于前述各地法院的不同认识和不同标准，司法审判中法官对此有的判垫资无效，有的判有效;有的判垫资款有利息，有的判没有利息。垫资是否有效及其做不同的处置，在涉及标的巨大的工程款案件审理中会引起当事人的利益方面的巨大反差。司法解释第6条对此作出结论：“合同对垫资和支付垫资款利息有约定，承包人主张发包人按照约定支付垫资款本息的，应予支持。合同对垫资利息没有约定，承包人主张发包人支付利息的，不予支持。合同没有约定垫资，发包人未支付的款项按照工程款处理。”对垫资作这样的统一认定，事实上确认了垫资的合法性，既符合市场的实际和国际惯例，也有利于政府主管部门和当事人根据最高院的统一规定，作出相应的管理要求和应对措施…
六、发包人逾期不答复承包人提交的结算报告将被视为已经确认
拖欠工程款越演越烈的一个重要原因，是不少发包人故意拖延工程结算，有的案件发包人以种种合法或不合法的手段拖延结算确认，一拖数年迟迟不确认承包人提交的工程结算价款。而发包人应在什么期限内确认工程结算，现行法律、法规并无相应规定。司法解释第22条对此开出的良方是：“建设工程施工合同约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算条件，承包人主张按照竣工结算文件作为结算依据的，应予支持。”这帖良方仅适用承发包合同对工程价款结算的期限有明确约定的情况，如果双方当事人在工程合同中没有约定结算的具体期限，则不能适用。而国家建设部和工商局共同推荐使用的99版《建设工程施工合同(示范文本)》通用条款部分第33条“竣工结算”中，对结算的期限有明确的约定;换言之，只要采用上述示范文本，则结算期限就已约定，这一条司法解释就能适用。
七、造价鉴定应依法有序进行，人民法院应严格控制和审核鉴定结论
在审理工程款案件中，一旦双方当事人对工程结算有争议，或者对结算的工程量和计价原则各执一词，司法实践中法官的对策就是提交司法鉴定。由于工程款鉴定涉及一系列的专门性的技术问题，法官们又不很熟悉;再加上对工程款的司法鉴定又缺乏有操作性的法律规定，在操作中出现很多问题。有的案件一审数年不出结论;有的鉴定单位自作主张，以审代判，法官却处于从属地位，造成的不当后果是审判权部分旁落;有的鉴定范围无序扩大，浪费人力、财力，法官往往不对鉴定的原则、范围和鉴定期限进行必要的限制和审核。
对此司法解释用三条规定作出应对措施。司法解释第19条规定：“因设计变更等原因导致工程量增加或者减少，当事人就结算工程款不能达成一致的，可以按照合同约定的计价标准或者计价方法结算工程款。结算工程款约定不明确，增建或者因解除合同停建的工程等不宜适用合同约定结算工程款，参照签订合同时建设行政主管部门发布的计价方法和计价标准结算工程款。也可参照上款规定通过工程造价鉴定确定工程款。工程造价鉴定机构通过对部分工程造价鉴定即可计算工程款的，不宜对全部工程鉴定。”第24条规定：“合同约定按照固定价结算工程款，当事人一方主张对合同约定范围内的工程款鉴定的，人民法院不予支持。”第26条规定：“工程造价和工程质量鉴定结论所依据的方法或者标准违反合同约定或者法律规定，人民法院不应采信。”这三条司法解释规定对工程款司法鉴定的控制和审核，必将对规范工程造价鉴定起到积极有效的调控，在司法实践中也将对造价鉴定的范围确定，鉴定是否应当提起以及依法、依合同约定进行，起到良好的实际效果。
八、造价结算协议与审计报告发生矛盾以前者为准
在司法实践中有关造价确认还存在一个疑难复杂的具体问题，承包人经过反复努力，以自行协商或市场审价方式已经确定工程结算，但事后发包人又以工程造价应通过审计为由，通过审计部门提出一个审计报告，审计报告与已确认的结算发生差异，如是，案件审理又因对结算协议和审计报告发生矛盾以何为准陷入新的困境。由于审计的特殊地位以及可以涉及国有资产流失的行政管理于民法的当事人意思自治和平等法律关系之间存在的民事权利义务的矛盾，法官面对案件审理中出现这样的情况，往往难以取舍，无从解决，近年中因此类问题，各地法院向最高院请示解决方案的，已发生多起，而最高院的数次答复都很明确。司法解释第25条对此作出明确的规定：“合同对工程结算有约定的，一方当事人主张按照审计机关作出的审计决定调整工程款的，人民法院不予支持。”
综合上述八项应对措施并对照广大施工企业合同管理的现状，即将出台的司法解释在对解决拖欠工程款案件的疑难复杂问题作出强有力的执法规矩的同时，也对广大施工企业的合同履约管理提出了新的要求。如果施工企业不重视，不下大力气加强合同履约管理，不采取相应的措施，尤其是对签证索赔的资料的专管措施，一旦发生案件诉讼将只能处于被动地位。同时这一现状也应引起律师的高度重视，在司法解释颁布施行后，广大施工企业必将会进一步认清加强合同履约管理的极端重要性，律师为施工企业提供非诉讼的履约管理服务，将会出现一个广阔的空间，这一点对我们律师而言不仅是扩大业务来源的重要契机，而且还提醒我们必须尽快做好提供相应的非诉讼法律服务的准备工作。
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