犯本罪的，处三年以下有期徒刑或者拘役；情节特别恶劣的，处三年以上七年以下有期徒刑。
从司法实践来看，重大责任事故罪中的“情节特别恶劣”主要是指下列几种情况：
（1）造成了特别严重的后果，如致多人死亡；或者致人重伤的人数特别多；或者直接经济损失特别巨大。
（2）违章行为特别恶劣，如已因违反规章制度受到批评教育或行政处罚而不改正，再次违反规章制度，造成重大事故；或者屡次违反规章制度；或者明知没有安全保证，甚至已发现事故苗头，仍然不听劝阻、一意孤行，拒不采纳工人和技术人员的意见，用恶劣手段强令工人违章冒险作业等。
（3）事故发生后，行为人表现特别恶劣。如事故发生后，不积极采取抢救措施抢救伤残人员或防止危害后果扩大，只顾个人逃命或抢救个人财物，使危害后果蔓延扩大；或者事故发生后，为逃避罪责，破坏、伪造现场，隐瞒事实真相，嫁祸于人。