二者区别在于：
预售合同在商品房预售时采用，房屋竣工交付使用，买受方付清全部房价款后，可直接办理过户手续。
商品房出售合同适用于商品房现居(竣工验收合格取得房地产权证的商品房)销售。
因此，如果是现在签的预售合同，交房时不再签出售合同，可以直接办理过户手续。如果预售合同是在1997年5月31日前签订的，仍需按合同本身约定，在房屋交付使用时签订出售合同，方能办理证户手续。
商品房预售合同效力如何认定：
1.出卖人没有取得商品房预售许可证明，与买受人订立商品房预售合同，应当认定无效，但是在起诉前取得商品房预售许可证明的，可以认定有效。
《商品房买卖合同纠纷解释》第二条规定：“出卖人没有取得商品房预售许可证明，与买受人订立商品房预售合同，应当认定无效，但是在起诉前取得商品房预售许可证明的，可以认定有效。”该条规定将商品房预售许可证明的取得作为审查合同是否有效的主要依据，并不考虑审查对其他条件的具备与否，有其合理性。
如前所述，对预售商品房进行规制是十分必要的。《城市房地产管理法》第四十四条，建设部《城市商品房预售管理办法》第五条、第六条，国务院《城市房地产开发经营管理条例》第二十三条、第二十四条、第二十七条对商品房预售的条件进行了规定。按照上述规定，商品房预售实行预售许可证制度。该制度要求开发商进行商品房预售，应当向城市、县房地产管理部门办理预售登记，申请颁发预售许可证明。房地产管理部门针对预售人的申请，对其是否具备包括《国有土地使用权证》、《建设用地规划许可证》、《建设工程规划许可证》、《建设工程施工许可证》在内的所有的预售条件进行审核，并到现场进行查勘。对符合预售条件的，予以核发《商品房预售许可证》。由此可见，《商品房预售许可证》是商品房合法预售的关键性证明文件，是政府对预售人预售资格的认可。可以形象地说，《商品房预售许可证》就是预售人可以进行预售的“资格证”、“通行证”。另外，我们还应当看到，预售许可证制度是行政强制许可制度，其实施主要依赖于政府职能部门的管理。“法官应当注意区分司法审判权和行政管理权的不同职能，正确行使审判权。”“人民法院对出卖人预售资格的审查，主要看其是否取得商品房预售许可证明，对其他预售条件的审查主要是行政部门的权限。”这意味着法官在审查商品房预售合同的效力时，审查的范围应当限制在审查预售人是否以其名义获得商品房预售许可证明及其真伪这一事实上。
买受人明知出卖人未取得商品房预售许可证明而与出卖人签订的商品房预售合同，可以认为出卖人与买受人对商品房预售达成了一致意见，合同成立，但因为缺少生效要件(《商品房预售许可证》的取得)，合同尚未生效。合同签订后，当事人起诉的，应认为合同生效要件的获得已无可能，一般应认定无效。但如果出卖人已具备了办理《商品房预售许可证》的条件，只是不肯予以办理，而预购人请求认可合同效力的，可认定合同有效(类推适用《合同法》第四十五条第二款前段)。出卖人在起诉前取得《商品房预售许可证》的，则可认为合同具备了生效要件，可以认定有效。
出卖人故意隐瞒没有取得商品房预售许可证明的事实，或者提供虚假商品房预售许可证明，导致合同无效或者被撤销、解除的，按照《商品房买卖合同纠纷解释》第九条第(一)项的规定，买受人可以请求返还已付购房款及利息、赔偿损失，并可请求出卖人承担不超过已付购房款一倍的赔偿责任。
2.当事人以商品房预售合同未按照法律、行政法规规定办理登记备案手续为由，请求确认合同无效的，不予支持。
最高人民法院《商品房买卖合同纠纷解释》第六条规定：“当事人以商品房预售合同未按照法律、行政法规规定办理登记备案手续为由，请求确认合同无效的，不予支持。”该条规定对《城市房地产管理法》第四十四条第二款，关于“商品房预售人应当按照国家有关规定将预售合同报县级以上人民政府房产管理部门和土地管理部门登记备案”的规定对合同效力的影响作了评价。
从《城市房地产管理法》第四十四条第二款的文义解释，该款只是表明商品房预售合同应当登记备案，但并未将此确定为合同生效要件。况且将合同登记备案行为的执行人为预售人，预购人(买受人)很难对此加以控制。因此，应当将商品房预售的登记备案视为行政部门的一种合同管理措施，其实施与否，并不对合同本身的效力产生影响。对此，最高人民法院《关于适用<合同法)若干问题的解释(一)》已有规定。该解释第九条中规定：“法律、行政法规规定合同应当办理登记手续，但未规定登记后生效的，当事人未办理登记手续不影响合同的效力……。”《商品房买卖合同纠纷解释》只不过又一次进行了明确。
当然，双方当事人约定以办理登记备案手续为商品预售合同生效要件的，应当从其约定(《合同法》第四十五条第一款前段、中段)。但虽然约定以办理登记备案手续为商品预售合同生效要件，虽然没有办理登记备案手续，双方已实际履行合同的，视为双方当事人合意排除对该要件(约定)的适用(《合同法》第四十五条第一款前段的反对解释)。