清洁提单与不清洁提单的问题。如前所述，由于银行一般不愿意接受不清洁提单结汇，因此，在实践中，当承运人因对接收到的货物有异议而欲在提单上进行批注时，托运人为了防止不清洁提单的产生，会以保函换取清洁提单。有的情况下承运人接受保函签发清洁提单并不是对收货人存心欺诈，而是因为某些客观条件的限制，实践中已有认定此种情况下的保函为有效保函的案例。如缺乏识别手段或计量工具，承运人接受保函免去提单上的批注，并不是对收货人的恶意欺诈，而是因为认识上的偏差或限制造成的，在此背景下出具的保函属于有效的善意保函，承运人如果在目的港受到收货人的索赔，应先赔偿收货人，之后可以通过保函从托运人或其保证人处得到补偿。我国海事法院就曾有肯定此类善意保函效力的案例。但保函有效也只在托运人与承运人之间有效，不能对抗收货人，因此，承运人必须先赔偿收货人，然后再依保函向托运人索赔。在托运人与承运人明知货物的表面状况有瑕疵仍以保函换取清洁提单的情况下，此种保函无效，承运人应对此承担责任，也有案例判在此种情况下承运人和托运人承担连带责任。