根据立法法第71条的规定，国务院部门规章的制定机关是国务院各部、委员会、中国人民银行、审计署和具有行政管理职能的直属机构。这类制定机关可以分为国务院组成部门和直属机构两大类。国务院部委和中国人民银行、审计署是国务院组成部门。国务院直属机构是主管国务院某项专门业务的部门，如国家工商行政管理总局、海关总署、国家税务总局、国家新闻出版总署、国家宗教事务局等。直属机构的数量和职能因各届政府的机构设置和法律的规定而有所不同。

制定部门规章的主体，还因为单行法律的授权规定而出现。例如，1998年12月公布的证券法第179条规定，国务院证券监督管理机构的职责之一，是依法制定有关证券市场监督管理的规章。根据第九届中央人民政府的管理职能配置和机构设置，行使国务院证券监督管理职权的机构是国务院的直属事业单位中国证券监督管理委员会。因此，这里行使部门规章制定权的就是国务院的事业单位。