捕捞许可证是指准许在一定水域进行捕捞的证明文件。

实行捕捞许可证制度有利于保护发展渔业资源、防止过度捕捞、维护渔业生态平衡。按照国渔业法的规定，凡在中国管辖水域内从事劳动生产的单位和个人，均须按规定申请办理渔业捕捞许可证。渔业捕捞许可证的批准发是按照不同作业水域、作业类型、捕捞品种和渔船马力大小，由县级以上渔业行政主管部实行分级审批发放。但是批准发放海洋作的捕捞许可证不得超过国家下达的船网控制指标。申请办理捕捞许可证的单位和个人，应按不同许可证的管理权限，持相应的件和证明材料到有关的渔政管理机关提出请。

外海、远洋捕捞许可证，在经营者提出，经省级渔业行政主管部门审核后，报国务院渔业行政主管部门批准颁发。近海大型拖、围网作业的捕捞许可证，由国务院渔业行政主管部门批准颁发；近海其他作业的捕捞许证，由省级渔业行政主管部门按照国家下达船网工具控制指标批准颁发。内陆水域捕捞许可证，由县级以上地方人民政府渔业行政主管部门批准发放。

其他许可证的批准发放机关是：临时捕捞许可证，由省级渔业行政主部门审批发放；专项（特许）捕捞许可证，由县级以上渔业行政主管部门审批发放；中外合资、中外合作从事捕捞生产的，其捕捞许可证所在海区渔政监督管理机构发放。负责办许可证的机关对于使用破坏渔业资源、被明禁止使用的渔具或者方法的，未按规定办理批准手续，制造、更新改造、购置或者进口捕捞渔船的，未按国家规定领取渔业船舶证书、航签证簿、职业船员证书、船舶户口簿、渔民证证件的，不得发放捕捞许可证。在内水、近海从事捕捞业的单位和个人，必须按照捕捞许证、有关保护渔业资源的法规进行作业。被批准颁发捕捞许可证，取得捕捞权后应当遵循相关法律法规进行捕捞。如果无证捕捞或违许可证规定捕捞的，买卖、出租或者以其他形式非法转让捕捞许可证的，渔业行政主管部或其所属的渔政监督管理机构可给予行政处罚。