软件著作权纠纷案件立案的标准也一直是实践中争议的问题，各地对于原告提交的初步证据是否可以证明存在侵权事实的标准上也各有不同，根据北京市高院《关于审理计算机软件著作权纠纷案件几个问题的意见》之规定，原告一般应提交如下证据：
　　(1)侵权的程序、文档以及与之进行对比的原告的程序、文档;
　　(2)被告实施侵权行为的其他证据;
　　(3)原告的软件与被告软件的对比情况。 在案件的审理中，判断两个计算机软件是否实质相似，最主要的是对两软件的程序代码进行比对。
　　在司法实践中，权利人提起计算机软件侵权诉讼时，能够取得的指控被告侵权的证据往往是被控侵权软件的目标程序，因此，首先能够进行对比的是二者目标程序的同一性。但目标程序同一性判断只是软件侵权判断的基础，两软件的目标程序相同，并不能直接得出两软件同一的结论，因为不同的源程序可能实现相同的功能，通过编译可能得到完全相同的目标程序。因此，在目标程序相同的情况下，还需进一步判断与目标程序相对应的两软件的源程序是否同一，对于立案程序中，原告需要提供何种程度的证据证明存在侵权事实以及在案件的审理中，法院是否在原告完成某种程度的举证责任之后才受理对该案委托鉴定的申请，这些举证责任的问题在司法实践中一直是由法院根据案件的实际情况作出具体的判断，这些判决因为依据很难确定因此经常成为案件双方争议的问题，但是从上述规定中“一般”的特殊限定仍然可以了解该类案件在执行之中的复杂性。