（1）股交中心和新三板都属于证券场外交易市场，而交易所市场属于场内市场，由主板、中小板（通常将主板和中小板合称为“主板”）、创业板构成。股交中心和新三板是比交易所市场较低层次的资本市场，它们与交易所市场通过转板机制建立起企业在不同层次市场之间的流动,构成我国的多层次资本市场。
（2）新三板目前仅面向中关村科技园区的高新技术企业，将来会逐步扩大到56个国家级高新技术产业园区的高新技术企业。股交中心面向所有有意愿进入资本市场的非上市股份公司，只要其符合相关条件即可挂牌，不受区域、行业的限制。
（3）股交中心经上海市人民政府授权，对企业进入新三板和交易所市场进行培育、辅导和推荐，作为对接新三板和交易所市场的地方服务平台。在中心挂牌的企业在条件成熟的情况下，可以到新三板挂牌，也可以直接到主板或创业板上市。