(一)存在劳动关系的举证责任。劳动者与用人单位存在劳动关系是确定纠纷属于劳动纠纷的前提和基础。在实践中，劳动争议仲裁机关规定，劳动者提起仲裁申请必须提供劳动合同，否则不予立案。用人单位与劳动者签订劳动合同是法律的强制性规定，但很多用人单位为逃避责任而不与劳动者签订劳动合同。仲裁机构以劳动合同作为受理依据，显然是错误地适用了法律。笔者认为，只要劳动者举证证明为用人单位提供了劳动，仲裁机构就应当作为劳动案件受理。用人单位若否认双方之间的劳动关系，应当举证证明。 　　(二)劳动争议仲裁时效的举证责任。《劳动法》第82条规定，提出仲裁要求的一方应当自劳动争议发生之日起60日内向劳动争议仲裁委员会提出书面申请。《劳动争议仲裁条例》第22条规定，当事人应当从知道或者应当知道其权利被侵害之日起6个月内，以书面形式向仲裁委员会申请仲裁。“劳动争议发生之日”显然不同于“当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日”。但是劳动部《关于贯彻劳动法若干问题的意见》第85条却偏偏规定，劳动争议发生之日是指当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日。按照上位法优于下位法原则，《条例》规定在《劳动法》实施后，应当失去效力。而实际上司法和仲裁部门在适用该条例。实践表明，60日的诉讼时效期间显然不利于劳动者。按照举证责任的要求，在是否超过仲裁时效问题上，应由主张超过时效一方举证证明。但实践中常有仲裁庭或人民法院要求劳动者举证证明自己提起仲裁申请没有超过时效。从处理劳动纠纷的经验看，劳资双方发生争议时往往都有很长时间的协商过程，因双方处于高度戒备状态，都会尽量避免给对方留下书面证据。待协商不成劳动者被迫申请仲裁时，已经远远超过60日。虽然，在双方开始协商时劳动者就已经知道自己的权利受到了侵害，但争议并未实际发生。仲裁庭和人民法院以协商开始时作为争议发生时，不仅使劳动者的权益得不到维护，也鼓励了用人单位通过协商拖延时间规避时效。因此，笔者认为，应当由用人单位举证证明争议发生时间，如果用人单位不能举证，则应认为劳动者提起仲裁没有超过时效。
　　(三)劳动报酬纠纷的举证责任。劳动报酬纠纷是劳动纠纷的重要组成部分，根据最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第6条规定，在因用人单位作出的开除、除名、辞退、解除劳动合同、减少劳动报酬、计算劳动者工作年限等决定发生争议时，用人单位负举证责任。表面上看，此规定赋予了用人单位对劳动报酬问题的举证义务，但是实际上对用人单位并无多大的约束。这是因为：其一，按照该规定，只有因用人单位作出开除、除名、辞退、解除劳动合同、减少劳动报酬的“决定”发生争议时，用人单位才承担举证责任，但用人单位在作出上述决定时并不出具书面文书，劳动者显然不能证明用人单位作出过类似决定。其二，按照该规定，只有用人单位作出减少劳动报酬决定时才承担举证责任。要使该条规定得以执行，劳动者必须首先证明自己劳动报酬减少，再由用人单位举证减少的根据。但这对劳动者而言，基本上是不可能做到的。为弥补法律的缺失，笔者认为应当规定，“因劳动报酬发生纠纷的，由用人单位负举证责任”。这是因为，劳动报酬数额的确定必须以劳动者已经完成的工作任务与工资支付标准为依据。如果没有劳动合同，劳动者既不能对工资支付标准举证，更不能举证证明自己完成的劳动任务。道理很简单，那就是劳动者在完成劳动任务后，不可能要求用人单位签字确认。《工资支付暂行规定》(1994年)第6条第3款规定，用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。因此，用人单位有义务记录并保存工作记录。立法应当规定，当劳资之间因劳动报酬发生纠纷时，应由用人单位举证。当然，即使这样规定仍然还有两个问题不能解决：其一，用人单位伪造记录怎么办;其二，用人单位根本没有记录或者遗失记录怎么办。笔者认为，对于第一个问题，应当规定用人单位每月工作记录必须由劳动者签字确认，以防止用人单位伪造或涂改记录。对于第二个问题，可以规定用人单位如不能提供完整记录，就应当采用定额赔偿制度核算赔偿数额，即规定按照同行业平均工资的两倍确定工资支付标准，按照劳动合同确定劳动者的工作任务。
　　综上所述，劳动者与用人单位之间的关系既有民事关系性质，又有类似于行政关系性质。劳动争议案件的审理不能机械适用“谁主张谁举证”的举证制度，而应根据具体情况科学地分配举证责任，才能更好地维护劳动者的合法权益。