行政机关及其工作人员实施行政许可，有可能侵犯公民、法人或者其他组织的合法权益。根据本条的规定，行政机关对其在实施行政许可过程中的违法行为，给当事人的合法权益造成损害的，应当承担赔偿责任。行政机关违法实施行政许可，当事人的合法权益造成损失，有两种情况：一是行政机关违法实施行政许可，自行政许可依法生效至当事人从事行政许可事项的生产经营等活动结束，行政许可都没有被撤销。在此情况下行政许可给当事人的合法权益造成损害的，行政机关应当承担赔偿责任，因为当事人合法权益的损害是由行政机关违法实施行政许可的行为引起和造成的。比如，申请人不具备从事爆炸物等危险物品的生产条件和能力，行政机关却违法实施行政许可，导致申请人在生产过程中因不符合许可条件而发生严重事故。再比如，申请人不符合排污许可所应当具备的法定条件，行政机关却违法向其发放排污许可证，导致申请人周围的利害关系人受到严重污染损害。在这些情况下，行政机关都应当对其违法实施行政许可的行为承担赔偿责任。二是行政机关因违法实施行政许可，而导致该行政许可被依法撤销。行政许可由于被撤销而给被许可人和利害关系人的合法权益造成损害的，行政机关应当承担赔偿责任。