一．建立商业秘密保护部门
机构建设单位主要是硬件方面的建设，企业应当设立专门信息保护科室，进行专项管理，定岗定责，隶属于决策层，推动健全商业秘密保护制度，配置合理与实用的管理费用，监督商业秘密保护的执行情况。同时建立健全安保措施，企业可以考虑加强门卫监察的力度，推动门卫管理制度的建设，包括来访制度以登记、员工进出登记等制度。同时配合电子商务监控设施的使用，对进出入经营场所的人员，以及安全域内发生的现象、进行有效监控。
二．商业秘密保护的制度建设
1. 建立保密规章
企业应当根据企业的商业情况建立系统的内部规章制度以对商业秘密的保护进行严格的规定，并对员工公示，使员工公示，使员工知悉。公示的方法包括如向员工大会公布，向员工发送规章手册，定期进行保密规章的培训和考核等。只有公示才能产生法律上的效力，是企业对商业秘密采取了保密措施的有力证明。
2. 划分商业秘密等级
商业秘密的密级是商业秘密重要程度的等级区分和标志。按照通常习惯和心理易接受的程度，商业秘密一般可以按“核心商密”、“重要商密”、“商密划分。权利人可以突出重点，加强核心商业秘密的监控，依据等级，实施相应的保密措施。
3.建立参观访问接待制度
4. 建立严格的门卫保安、电子报警系统
5. 对公司电脑等数字化信息的操作系统设定密码并告知保密要求
6.建立废品、办公及工业垃圾保密处理制度

三．涉及商业秘密的内外部合同管理
　　对内部员工及其保密协议管理 ，如保密协议的签订、竞业禁止的协定等应该避免法律风险。其次，对外合同上，要注意保护供销渠道及经营秘密等。