签订并购意向书后，双方也就是有一个初步的谈判方案，在此基础上，收购方会对目标企业进行全面细致的尽职调查，并且在调查结果的基础上，双方就并购交易的细节继续磋商直至形成最终的并购协议。依据企业并购交易方式的不同，并购协议的内容和形式也有不同。资产收购协议、股权收购协议、合并协议作为企业并购协议的三种最主要的协议，协议主要条款上有共通之处，也有各自的侧重点。就各类并购协议的共同的重要条款来说，主要包括：
1、陈述与保证条款
陈述与保证条款可谓是并购协议中的最长的条款。内容也极尽繁琐，但是这是必需的：因为这是约束目标公司的条款，也是保障收购方权利的主要条款。后面的其他条款又以该条款为基础，所以它对于收购方的重要性不言而喻。通常来说收购方的法律顾问的资力越深、相关业务水平越高，那么这一条款的内容就越详细，对收购方权利的保障也越全面。
陈述与保证条款在并购契约上通常表示为买方是“依契约约定的条件及出卖人的陈述及保证下，而同意购买该股份或资产”的形式。据此，卖方对于有关的公司文件、会计账册、营业与资产状况的报表与资料，均应保证它的真实性。尤其关于公司负债状况，买方应要求出卖人就公司人对第三人所负的债务，开列清单，并保证除该清单上所列债务外，对其他人不负任何债务。由于陈述与保证条款内容对于并购双方而言都极为重要，所以并购双方协商的主要时间，一般花在陈述与保证的范围的磋商以及如果卖方这些陈述有错误时，卖方应如何赔偿买方。
2、履行契约期间的义务
并购协议签订后可也就是时履行，亦也就是卖方交付标的物（如股票），而买方交付价金。但是可能基于某些理由，而使收购契约签订后而尚未完成交割或支付价金。其理由可能是因为须等待政府有关机关核准或者此项股权移转需债权人同意方有效或者买方还须再作一番审查后才交割。此外，也可能须取得供应商、客户的同意，因为其与该公司的契约中规定，如公司控制权若有变更需其同意，方得延续卖方与该第三人原有的合约，否则可终止契约。
签订并购协议，是整个交易行为的开始，到了交割日，双方移转股份或者资产及交付价款时，那么为交易行为的终结。这一期间是双方一个敏感的过渡时期。对买方而言，因股份尚未正式移转，未能取得股东或者所有者的合法身份，从而无法直接参与目标公司的经营；就卖方而言，其可能因为股权也就是将移转而降低经营意愿，从而影响公司的收益。因此，为了避免双方权利义务在这段期间内发生变动，最好在契约中明确规定双方当事人在此期间的权利与义务。
3、履行并购协议的条件
并购双方签订并购协议的时候，常将协议的签署与标的的交付日期分开。因为签订协议之日，表示双方就收购股份一事已达成一致，但是只有当双方依协议履行一定义务及有关要件具备后，才开始互相转移标的与支付价金。
因此，契约履行的条件是指，如果一方没有达成预定的条件，另一方有抗辩的权利，可以在对方尚未履行预定的条件前，暂时拒绝履行自己的义务（也就是完成交易）。例如，一方要求他方须获得股东会与董事会必要的同意，此项条款是保障买方在卖方不完成其应作之事时，买方不须受任何处罚。
契约履行的义务及条件，主要应包括以下几点：至交割日时，双方于本次交易行为中，所作的一切陈述及保证均属实；双方均已依收购契约所订的条款履行其义务，如卖方已依约提供有关报表，以供买方审查；并购交易已取得第三者一切必要的同意、授权及核准；双方均已取得本项并购行为的一切同意及授权，尤其是各董事会及股东会关于收购行为的决议；待一切条件及义务履行后，双方始互负转让股份或者目标企业资产所有权及支付价金的义务；卖方应于交割日将股份转移的一切有关文件交付买方，同时，买方亦应依约支付价金给卖方。
4、股票及价金的提存
股份购买契约签署的目的，是当约定的条件及义务履行后，双方均能依约移转股票及支付价金。而在跨国性的收购活动中，若双方并无足够的信赖关系，为确保双方均能诚信履约，在收购契约签署的同时，亦可约定将股票与价金提存第三人（通常为银行或律师）。提存的意义，系指双方将尚未移转户的股票及价金，提存在双方所同意的第三人保管，除经双方指定授权的代表外，任何一方不得自保管人处取回股票或价金。
5、交割后公司的经营管理
假如收购方取得目标公司的全部股份或者全部资产，那么一般来说收购方可以取得目标公司全部控制权。日后关于公司的经营管理，可自主在法令许可的范围内自由制定。如果仅收购目标公司的部分股份，自应按照取得股份的比例，就有关经营管理的权限，作明确约定。另外关于雇员的留任问题，双方一般可以在并购协议中明确规定，如果内部雇用人员确实无法维持某一既定标准或无法达到某一预定的增长率时，有权加以更换。
6、损害赔偿条款
在并购协议中，损害赔偿条款可以说是最难达成一致的项目之一。如果某方违反契约规定，另一方可要求损害赔偿。例如，如果卖方“陈述及保证”其拥有某项资产，结果发现并没有，那么买方可对此资产的价值，要求赔偿。买方通常要求将部分价金寄放于第三者，如果卖方违反保证而须偿付买方时，可直接用以偿付损失。此外，鉴于“损害额”认定上非常困难，双方通常会另外预定“损害赔偿金额”。
对于损害赔偿，卖方亦常要求交割后某期间内发现不实才予赔偿，如一年。但是，买方会要求更长的保证期间，甚至依不同的“陈述与保证”及发现不实的困难性，分别制定不同的保证期间。此外，卖方也常要求订出赔偿金额不可超过某一金额或者赔偿金额须达某一金额才赔偿，若只是一点点轻微损失也就是不必追究。买方那么常希望保留部分价金，以备交割后发现资产不足或负债增加时加以抵销。但也可获得卖方承诺，以本身的资产作为担保，保证负责此项损害赔偿。
总之，买方对目标公司真实状况的“无知”，必须获得卖方的保证。但卖方是否愿在契约上答应给予保证，取决于双方协商时的谈判力量及价格上的调整。在某种低价上，买方会同意放弃一切保护，在某种高价上，卖方也会同意一切保证。事实上，买方对风险的控制，除了在“陈述与保证”条款与损害赔偿条款上明确约定外，尚可通过“支付价金”的妥善安排，来达到目的。