(一)股权转让合同的生效问题
    外资间接收购上市公司遵循审批主义原则。普通的国内股权转让合同原则上采取成立生效主义，合同成立之日即为合同生效之日。但根据《关于向外商转让上市公司国有股和法人股有关问题的通知》等规定，股权转让合同遵循批准生效主义。即使外商受让上市公司国有股和法人股合同已经签订，但未经批准，仍然不能生效。这里的“批准”部门，过去主要指国家经贸委、财政部，在国务院机构调整后，则主要是指国有资产管理部门。
(二)审批程序问题
    目前，虽然外资介入上市公司并购的基本制度框架已经形成，政策与法律的基本障碍已经消除，但是外资并购的牵涉面十分巨大，具体工作繁多细致，而目前此类行为的主体依据是各部门规章，此类规章往往由各部门从自身管理的角度制定出台的，从体系上看，没有建立起完善健全的并购配套制度，缺乏明确细致的并购法定程序。所以，实际操作中不可避免地出现部门之间的扯皮与推诿现象。
(三)审批权限问题
    我国国有股协议转让的审批手续一直比较复杂。按照中国有关法律规定，凡涉及国有资产股权转让的，必须经有资格的国有资产评估机构对需转让的股权进行价值评估，并经国有资产管理部门确认。经确认的评估结果应作为转让股权的作价依据。在实务中，一般外商对中国的会计师事务所的评估不太信任，宁愿花更多的钱来聘请已在中国设立机构的有资格的国际上知名的几大会计师事务所。
(四)股权质押问题
    外商投资企业的中方或外方在收购或重组过程中，常因融资借贷的需要而将其在外商投资企业中股权质押给贷款人。
这里应注意的是：
a、任何一方质押的股权都必须是其已缴付出资部分的股权，而不得质押其未缴付出资部分的股权；
b、股权质押须经企业其他投资方和董事会的同意，并签订股权质押合同；
c、股权质押须经企业原审批机关的批准并经企业原工商登记机关的备案后方可生效。
d、若是股权质押给国外贷款人，并且是为了第三人的债务而设定，则还须经有关外汇管理部门批准(外商独资企业除外)并办理对外担保登记。