1．注意转让全资子公司以及持股95%以上的企业时转让收入的确认 　　按照《国家税务总局关于企业股权转让有关所得税问题的补充通知》（国税函[2004]390号，以下简称国税函[2004]390号）第二条的规定，企业转让全资子公司以及持股95%以上的企业时，应按《国家税务总局关于印发〈企业改组改制中若干所得税业务问题的暂行规定〉的通知》（国税发[1998]97号）的有关规定执行。投资方应分享的被投资方累计未分配利润和累计盈余公积应确认为投资方股息性质的所得。为避免对税后利润重复征税，影响企业改组活动，在计算投资方的股权转让所得时，允许从转让收入中减除上述股息性质的所得。国税函[2004]390号明确了企业转让全资子公司以及持股95%以上的企业时，其在被投资企业中的累计未分配利润和累计盈余公积是不作为转让收入的，而转让持股95%以下的企业时，其在被投资企业中的累计未分配利润和累计盈余公积，则不允许从转让收入中减除。
　　2．注意清算处置股权投资时转让收入的确认
　　按照国税发[2000]118号和国税函[2004] 390号的规定，投资企业在对被投资企业进行清算时，从被投资企业取得的分配支付额中，投资方应分享的被投资方累计未分配利润和累计盈余公积应确认为投资方股息性质的所得，在计算投资方的股权转让所得时，允许从转让收入中减除。按照这一规定，被投资企业进行清算后，分配给投资企业的分配支付额不都视为股权的转让收入，只对超过被投资企业累计未分配利润和累计盈余公积金的部分确认为转让收入。
　　例如：A公司1992年投资50万元，持有被投资企业B公司20%的股权，按照公司章程规定，2007年经营期满后B公司解散，B公司解散清算后分配给A公司100万元，B公司解散时其累计未分配利润和累计盈余公积金为40万元。假设初始50万元投资为税收上的投资成本，A公司与B公司均适用33%的税率。A公司转让所得计算过程如下：
　　（1）A公司在B公司累计未分配利润和累计盈余公积金中的数额：40×20%=8万元。
　　A公司从B公司取得的100万元分配支付额中的8万元确认为股息性所得，由于A公司与B公司适用相同的税率，因此对于8万元股息性所得A公司不需纳税。
　　（2）A公司转让B公司股权的收入：100－8=92万元。
　　（3）A公司转让B公司股权所得：92－50=42万元。
　　A公司转让B公司的42万元股权所得应并入当期纳税所得，按33%的税率计征企业所得税。
　　确认股权转让成本时的风险
　　1．区分税收规定的股权转让成本与权益法核算的长期股权投资成本的差异
　　税收规定的股权转让成本不是权益法核算的长期股权投资成本，而是以历史成本计价的投资成本（不考虑以累计未分配利润和盈余公积金或资本公积转增资本对投资成本的影响，下同）。在权益法下（不考虑现金股利和利润的分配），投资企业在一个会计期间要按照在被投资企业净利润增减额中权属于投资企业的部分调整长期股权投资的投资成本，投资企业的投资成本随着被投资企业净利润的变化而变化。而税收规定的股权转让成本是按照历史成本的原则，以取得股权时的实际支出额作为转让成本，通常情况下不会在以后发生变化。
　　2．注意将收回转让或清算处置股权投资前被投资企业以盈余公积和未分配利润转增的资本确认为投资成本
　　通常情况下，企业以取得股权时的实际支出额作为税收上的投资成本，但是当被投资企业以盈余公积和未分配利润转增资本时，投资企业要注意将收回、转让或清算处置股权投资（以下简称处置股权投资）前被投资企业以盈余公积和未分配利润转增的资本确认为投资成本，从转让收入中扣除。对于被投资企业通过盈余公积和未分配利润转增资本的行为，前面已经阐述过，在税收上将其分解为向投资企业分配利润和投资企业再投资两项经济业务进行所得税处理。作为投资企业在被投资企业转增资本时，一是视同取得投资所得按照有关规定计征企业所得税；二是在税收上应将转增的资本增加投资成本，在处置股权时要将转增的资本进行扣除。
　　注意股权投资损失的税前扣除
　　按照国税发[2000]118号的规定，企业因处置股权投资而发生的股权投资损失，可以在税前扣除，但每一纳税年度扣除的股权投资损失，不得超过当年实现的股权投资收益和投资转让所得，超过部分可无限期向以后纳税年度结转扣除。企业在税前扣除投资损失时应注意此限制性规定，不要直接将投资损失在税前扣除。当企业当年实现的股权投资收益和投资转让所得大于投资损失时，在抵减投资损失的顺序上，可以先抵减需全额计征企业所得税的转让收益，再抵减需补税率差的投资所得，最后抵减不需要补税的投资所得。
　　企业进行股权投资时的风险
　　1．以非货币性资产投资时应注意的问题
　　按照国税发[2000]118号的规定，企业以经营活动的部分非货币性资产对外投资，包括股份公司的法人股东以其经营活动的部分非货币性资产向股份公司配购股票，应在投资交易发生时，将其分解为按公允价值销售有关非货币性资产和投资两项经济业务进行所得税处理，并按规定计算确认资产转让所得或损失。企业以非货币性资产，如机器、专利等实物和非实物资产进行投资时，通常需对所投出资产进行评估，确认其公允价值并确认投资额。在此时企业应按照资产的公允价值作为投出资产的转让收入，扣除投出资产的计税成本后确认资产转让所得。
　　2．注意视同转让非货币性资产所得的递延纳税问题
　　按照国税发[2000]118号和《国家税务总局关于做好已取消和下放管理的企业所得税审批项目后续管理工作的通知》（国税发[2004]82号）的规定，对于以非货币性资产投资时确认的资产转让所得占应纳税所得50%及以上，在一个纳税年度确认实现缴纳企业所得税确有困难的，可作为递延所得，在投资交易发生当期及随后不超过5个纳税年度内平均摊转到各年度的应纳税所得中。纳税人在以非货币性资产投资时其计算的视同转让非货币性资产的所得，有的数额很大，如以商标、非专利技术等无形资产的投资。对于此种所得，如果一次纳税，对企业的现金流会产生较大影响，因此考虑到不影响企业的正常经营并且简化审核程序，政策规定对于以非货币性资产投资时确认的资产转让所得占应纳税所得50%及以上的，可以在不超过5年的时间内均匀计入当期应纳税所得。