近年来，股权转让纠纷已逐步成为公司案件的一个重要类型，由于其涉及公司各方的利益甚至公司的存续发展，法律关系复杂，社会敏感度较高。尽管修订后的公司法较为完整地确立了有限责任公司股权转让的制度框架，但由于市场经济的快速发展，股权转让纠纷千差万别，通过原则性的条文经常难于涵盖复杂多变的实际状况。因公司性质和受让人的不同，股权转让纠纷的复杂性也不同。其实股权转让纠纷主要集中在有限公司股东向非股东转让股权的过程中。 　　 一、向股东以外的人转让股权没有征得其他股东同意的处理
　　未依法征得其他股东同意而转让股权的行为，严格讲是处于效力待定状态，如果其他股东追认的，则转让仍为有效。此种情形下，纠纷一般有两类：
　　（1）股权转让合同成立后，尚未履行或尚未履行完毕，而受让人起诉出让人，要求其继续履行合同。法院在审理过程中，可以先将该诉讼情况通知公司，让其在一定限期内征求其他股东对该转让合同的意见，其他股东在期限内有超过半数以上股东作追认或不作相反意思表示（通知转让而不作否认，视为同意转让），且不同意转让的其他股东又不购买该转让出资的，或仅欲以低于转让合同价格购买的，判令转让合同双方当事人继续履行合同。如在合理期限内有其他股东表示以相同或优于该转让合同的价格条件购买该股权的，则视出让人意思表示而定。如出让人在此期间转而与其他股东履行股权转让的，则原股权转让合同受让人要求继续履行合同的诉讼请求不予支持，但其可以要求出让方承担赔偿损失的民事责任，已部分履行的应作无效处理，出让人还应返还其已收取部分转让款及法定孳息。但审判实践中，法院应以受让人在审理中变更原诉请而为之，否则法院只能仅就原诉请审理，或予以驳回其要求继续履行的诉讼请求，而不必主动干预应由当事人自由表示的私权。如经诉讼中给予一定的追认征询期限后，仍未能满足现行公司法第三十五条第二款之条件的，则该转让合同确认无效，继续履行不予支持，出让方与受让方之间亦如前述，可按无效返还及根据过错赔偿损失的原则处理。
　　（2）公司要求确认股东出让的股权无效。在审理中，应由出让股权的股东负责举证，在期限届满前如其能举证证明已向公司提出转让其所拥有股权并征求其他股东意见的请求，公司过半数股东同意转让，且不同意转让的股东未作购买该股权的意思表示，或其所报价格的要求劣于现股东以外受让人所出价格条件的，则该转让合同有效。此外，如公司提起确认无效之诉时，出让人所转让的股权业已登记到受让人名下，则此种情形可视为其他股东已明知，并同意该转让。该转让合同也为有效。除此两种以外，转让合同无效。由此，继而引起合同双方当事人纠纷的，根据合同相对性原则，区分合同内外关系，受让人与出让人之间的纠纷属转让合同当事人之间的关系，公司与出让人之间的纠纷属转让合同一方当事人与合同之外第三人的关系，故一般应另行成诉，处理中按无效返还并按过错赔偿损失的原则裁判。
　　二、股权出让人是实际投资未到位者或抽逃投资者的处理
　　 此类纠纷主要分为两种情形：一是股权受让人要求撤销股权转让合同或确认其无效；二是公司债权人要求出让人、受让人对公司债务承担责任。若出让人在转让股权时，对受让人隐瞒了真实情况，受让人可以欺诈为由撤销合同，或以违法为由主张合同无效。公司债权人因追索债权，将受让人与公司列为共同被告，审理中受让人又以欺诈或违法为由主张撤销转让合同或主张转让合同无效的，应告知受让人另行起诉，本案中止审理。若公司债权人将出让人、受让人及公司一并列为共同被告，受让人提出撤销之诉或无效之诉时，可一并审理。查明股权转让时受让明知或应当知道出让人出资不实情况而接受转让，或事后知道该事由而未及时提出撤销诉讼或无效诉讼的，视为其已同意在受让时同意承担出让人投资不实的责任，受让人的撤销或无效主张不应予以支持。受让人同意承担责任并不能免除出让人对第三人的责任。公司注册资本是公司作为市场主体而存在并运行的基础，公司设立时出让人真实出资是法定义务，是对外承担责任的基础，出让人出资不实并延续于受让人，出让人与受让人有共同过错行为，由此产生的对外责任应共同负责，即出让人与受让人对债务负有连带责任。如果受让人无过错，股权转让会被撤销或被认定无效，受让人无须对第三人承担责任。
　　三、股权受让人在变更工商登记中产生的纠纷之情形及法律适用
　　股权转让合同依法订立之后，受让人支付价款，转让人及时通知了公司，但公司拒不办理或拖延办理股东名册变更、工商变更登记，使受让方无法享有、行使股东权利，进而引发纠纷。
　　我国公司法第36条规定：“股东依法转让其出资后，由公司将受让人的姓名或者名称、住所以及受让人的出资额记载于股东名册。”我国公司登记管理条例第31条规定：“有限责任公司变更股东的，应当自股东发生变动之日起30日内申请变更登记，并应当提交新股东的法人资格证明或者自然人的身份证明。”此由可见，股东转让股权涉及两个登记变更：一是公司股东名册变更；二是股东工商登记的变更。这两个登记变更都应由公司出面来完成，是公司的义务。如果公司未能及时完成两个登记变更，受让人应以公司为被告要求公司履行法定义务并可要求赔偿损失。因转让人不存在违约行为，股权转让合同不能解除，更不能要求转让人负赔偿责任。