二者有不同的主要法律特征。 
（一）申请劳动争议仲裁的时效与诉讼时效是不同的法律概念 
1、诉讼时效是指权利人在法定期间内不行使权利即丧失请求人民法院依法保护其民事权利的法律制度。《中华人民共和国民法通则》第七章对诉讼时效的基本规定是：当事人自知道或应当知道其权利被侵害之日起，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为二年；符合本法第136条规定情形的，诉讼时效期间为一年；在诉讼时效期间的最后6个月，因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，诉讼时效中止。从中止时效的原因消除之日起，诉讼时效期间继续计算。诉讼时效因提起诉讼、当事人一方提出要求或者同意履行义务而中断，从中断时起，诉讼时效期间重新计算。但从权利被侵害之日起超过20年的，人民法院不予保护。法律另有规定的从其规定。 
2、申请劳动争议仲裁的时效，是根据劳动法律规范所规定的、劳动合同当事人认为其权利受到损害后，向劳动争议仲裁机构提出仲裁申请的法定期间；是在法定期间内不行使权利即丧失请求劳动争议仲裁机构依法保护其权利、并同时承担相应的法律后果的法律制度。在《中华人民共和国劳动法》生效前，国务院发布的《中华人民共和国企业劳动争议处理条例》第23条规定，当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起6个月内，以书面形式向仲裁委员会申请仲裁。当事人因不可抗力或者有其他正当理由超过前款规定的申请仲裁时效的，仲裁委员会应当受理。在《劳动法》生效前，申请仲裁的时效是自当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起的6个月以内。《劳动法》第82条规定，当事人自知道或应当知道其权利被侵害之日起，提出仲裁要求的一方应当自劳动争议发生之日起60日内向劳动争议仲裁委员会提出书面申请。可见，对于《劳动法》生效后申请仲裁的时效，已以法律的形式规定为60日 
（二）法律根据不同 
  诉讼时效是民事法律关系当事人主张依法保护其民事权利的请求期间，来自民法的基本法。而申请劳动仲裁的时效来自于劳动法律关系方面的法律、法规。在劳动法律关系方面的纠纷，应首先适用劳动法律关系方面的法律、法规。因此，对申请劳动仲裁时效的运用，应以劳动法的相关规定为准。  
（三）适用的范围和对象不一致 
诉讼时效适用于广泛的民事纠纷的诉讼案件，是民事审判活动中应当考虑的一种期间；根据当事人是否在此期间主张其民事权利的事实，来考察该当事人的民事权利是否在法律保护的时间范围。如果当事人主张其民事权利时超过了法定的诉讼时效期间，则法律不再保护其权利，即当事人丧失胜诉权。申请劳动仲裁的时效的应用范围是劳动法律关系，适用对象是劳动法律关系的当事人；是当事人之间因劳动关系发生争议时，当事人根据相关规定向劳动争议仲裁机构申请仲裁裁决的法定期间；超过此期间，仲裁机构则不再受理，也就失去了法律保护的基础。 
从《中华人民共和国民法通则》的规定看，诉讼时效因提起诉讼、当事人一方提出要求或者同意履行义务而中断，从中断时起，诉讼时效期间重新计算。但从权利被侵害之日起超过20年的，人民法院不予保护。这就是民法上的诉讼时效中断法律制度。诉讼时效中断的原因归结起来有两方面，一是当事人主张权利，另一方面是对方当事人同意履行义务。诉讼时效中断的结果是诉讼时效重新计算。而且诉讼时效中断可能不只一次。 
因时效制度是一项法律制度，法律无明文规定则不能推定其存在。纵观我国目前的劳动法律法规，尚无关于申请劳动仲裁时效中断的规定。所以目前尚无申请劳动仲裁时效中断的法律制度，不能拿诉讼时效中断的规定套用于申请劳动仲裁的时效问题。所以，劳动仲裁的申请期限，一般不会象诉讼时效的中止、中断所产生的追溯期间那么长。由于申请劳动仲裁的时效中止只是提出申请时间的顺延，不存在重新计算申请时效的问题，如无不可抗力因素，劳动仲裁的申请期限即使中止，也不可能延续较长时间甚至几年。对于当事人不服劳动争议仲裁裁决而提起民事诉讼的期限问题：由于目前我国法律对劳动争议纠纷的处理一般采用先仲裁后诉讼的程序模式，即在当事人在对仲裁裁决不服时，根据《劳动法》第83条的规定，“自收到仲裁裁决书之日起15日内”，可以向人民法院提起民事诉讼；逾期仲裁裁决书则发生法律效力。从某种意义上说，在“收到仲裁裁决书之日起”才发生诉讼时效的问题，而且此诉讼时效在“自收到仲裁裁决书之日起15日内”。逾期提起民事诉讼，则人民法院不予受理。可以说这是目前我国最短的诉讼时效。