有限责任公司发起人协议，是在公司设立过程中，由发起人设立的关于公司设立事项的协议，性质上属于合伙协议。设立协议与公司章程之间存在着密切关系，两者的目标高度一致——都是为了公司设立；内容也存在很多相同之处，如，公司名称、注册资本、经营范围、股东构成、出资形式等诸多事项，不仅是公司章程需要的绝对必要记载事项，而且也是设立协议的主要内容。在实务中，如果有限责任公司的发起人制定了发起人协议，在公司章程的制定过程中往往以发起人协议为基础，设立协议的基本内容通常都是为了公司章程所吸收。
公司章程与公司设立协议尽管目标一致，关系密切，但是两者毕竟在性质和功能等方面不同，主要表现出以下几个方面的差异：（1）我国公司法并没有将有限责任公司的发起人协议规定为公司设立的必要法律文件；而公司章程则是必备性文件，任何公司成立都必须以提交章程为法定要件。（2）发起人协议的制定需要遵守合同法的一般规则；而公司章程则是必须依据公司法制定，不得违反法律、行政法规。公司章程要经过公司登记机关的必要审查。（3）从效力的范围来看，发起人协议调整全体发起人之间的关系，因而只在发起人之间具有法律约束力；而公司章程调整的则是所有股东之间、股东与公司之间、公司的管理机构与公司之间的法律关系，其中包括制定章程时的原始股东和章程制定后加入公司的新股东，都受章程的约束。（4）从效力的期间来看，设立协议调整的效力期间是从设立行为开始到设立过程终止，公司的成立即意味着协议的终止；而公司章程的效力则及于公司成立后整个的存续过程，直至公司终止。
综上所述，当发起人协议与章程发生冲突时，应当以章程为准，但如果相关内容，设立协议中有规定，公司章程未涉及但又属于公司存续或者解散之后可能会遇到的事项，相应的条款可继续有效，但是效力只应限于签约的发起人或者原始股东。
在公司成立后，发起人协议的意义主要体现在：根据《公司法》第31条规定的：“有限责任公司成立后，发现作为出资的实物、知识产权、非专利技术、土地使用权、股权等法律、行政法规允许的其他形式实际价额显著低于公司章程所定价额的，应当由交付该出资的股东补足其差额，公司设立时的其他股东对其承担连带责任。”第95条（三）：“在公司设立公司过程中，由于发起人的过失使公司利益受到损害的，应当对公司承担赔偿责任。
在实务中，在有限责任公司成立后，当事人如果以发起人协议为依据提起诉讼请求，如追究股东出资义务，请求确认设立协议无效而解散公司等，均不得到法院支持。