1、纳税人在辅导期内增购专用发票，继续实行预缴增值税的办法，预缴的增值税可在本期增值税应纳税额中抵减，抵减后预缴增值税仍有余额的，应于下期增购专用发票时，按次抵减。
　　2、主管税务机关应加强对纳税人预缴税款抵减的审核工作：
　　（1）纳税人发生预缴税款抵减的，应自行计算需抵减的税款并向主管税务机关提出抵减申请。
　　（2）主管税务机关接到申请后，经审核，纳税人缴税和专用发票发售情况无误，且纳税人预缴增值税余额大于本次预缴增值税的，不再预缴税款可直接发售专用发票；纳税人本次预缴增值税大于预缴增值税余额的，应按差额部分预缴后再发售专用发票。
　　3、主管税务机关应在纳税人辅导期结束后的第一个月内，一次性退还纳税人因增购专用发票发生的预缴增值税余额。因文件中没有规定，企业在辅导期满后的预缴可以抵扣应缴税款，辅导期满后的一个月内，可以到主管税务机关办理一次性退还纳税人因增购专用发票发生的预缴增值税余额。