1．检察官缺乏相对独立性。在实践中，案件的办理需要经过办案组长、科（处）长、分管检察长甚至检委会的层层审批，导致责任分散、权责分离，检察官所具有的相对独立性被忽视。
2．由于侦查一体化机制将大部分权力上收一级，如果不能建立公平、合理的激励机制和考评机制，有可能会影响到下级院和部分办案人员的工作积极性。
3．上级检察院领导下级检察院的制度不够规范。法律对上级检察院领导下级检察院的范围、方式和程序，下级检察院拒绝接受领导的法律责任等均未作出明确规定；上级检察院对下级检察院领导干部的管理缺乏保障，管人与管事相脱节等。在一定程度上弱化了检察机关的上下级领导关系，也影响了侦查一体化机制作用的发挥。
由此可见，侦查一体化作用的发挥，横向来说需处理好集中统一行使与检察官独立办案的关系，纵向来说则需处理好上级院与下级院之间的责权利关系，树立新型领导关系。
1．要正确处理好职务犯罪侦查权的集中统一行使与检察官独立办案的关系。
（1）要充分发挥主办检察官办案责任制的效能。检察官依照法律和授权独立办案是法治的基本要求，也是检察机关依法独立行使检察权的有力保障和充分体现。主办检察官的权力应包括一定的初查决定权、立案权、侦查权和决定侦查终结权、人员配置调动权等，逐渐淡化行政审批色彩。其责任应落实到各个环节，并要求其定期对自身办案工作情况进行述评，对处置案件与办案规律进行分析。检察长或检委会对侦查办案情况进行即时监督和检查，通过对立案报告、侦查终结报告以及起诉意见书或撤销案件决定书的对照复核，以及案件判决后对移送起诉意见书、起诉书、判决书的对照复核，作出对案件质量的评估意见，发现突出问题，及时监督纠正。
（2）要确立检察长对主办检察官的领导权。目前，侦查机制内部实行对检察权的多层分解并由此形成逐级请示报告的行政化管理体制和运行机制。虽然便于上级对下级的领导，但由于责权利相对分散，在某种程度上检察官成了事务官，形成检察人员工作上的等、靠、推局面，不利于检察人员素质以及工作效率的提高，忽视了检察官在检察权行使中的相对独立性。笔者认为，检察长对主办检察官的领导权应主要体现在指令权和监督权上，其中重点是进行监督。检察机关2至3年应重新组织主办检察官竞争上岗，以激发广大检察干警学习法律、钻研业务、认真办案的热情，更好地履行查案职责。要对检察长的领导方式和行为作出必要的限制，如检察长必须以书面形式下达指令，检察官在特殊情况下可以拒绝执行违法指令等。尤其要避免检察长仅仅听取汇报就定案、审批的情况，要确立检察长必须阅卷和审查相关证据后才能决定案件处理的相关制度等。
2．明确侦查一体化过程中涉及的上下级检察院的责权利关系，调动各方办案积极性。
理顺关系、明确责任，调动各方办案的积极性，是推行侦查一体化机制的关键。对于侦查一体化过程中涉及的赃款赃物要实行统一扣押、冻结，不能私自截留。对于协查费用，尤其是协助抓逃的费用，要由上级检察院列入预算，根据协查工作量的多少，作为专项经费下拨。上级检察机关要按照检察一体原则，从检察机关上下级领导体制的实际出发，既要有利于形成办案合力、提升整体侦查能力，又要多为基层院着想，多替基层院解决实际问题，从而调动下级检察机关办案积极性。
3．要进一步强化检察机关上下级领导体制。
虽然宪法规定检察机关是上下级领导关系，但实践中检察机关的人、财、物往往受制于地方，这种现状严重影响了侦查一体化进程。实行侦查一体化，首先是人、财、物的一体化，实行检察机关上下一体化领导，笔者认为，人、财、物应统归上级院管理，建立与地方行政相脱离的大司法区管辖格局。只有这种工作格局才能从制度上保证检察机关依法独立行使检察权。上级院要在抓好职务犯罪案件侦查工作的同时，切实担负起领导责任，积极出面排除干扰阻力。对一些地方保护主义严重，当地干扰阻力大的案件要采取提办、督办、交办、参办和指定异地查办以及跨区域案件的指挥协调手段，帮助下级院突破干扰阻力，保证办案工作有效开展。下级院拟作出撤销、不起诉等处理的案件，应由侦查、公诉部门提出意见，报请本院检察长或者检委会决定的同时，层报上级院业务部门审批。上级院要加大制度建设，从法律手续的办理、立案、采取强制措施、侦查终结、赃款赃物处理到追赃追逃等工作都要建章立制，进一步明确上下级之间的领导关系。（高继明）
