持守着这一崇高原则，杰斐逊常常表现得不把为求获胜而展开的竞选攻势放在眼里。他看上去不情愿充当共和党旗手。当他在国会春季会期结束后返回弗吉尼亚时，这样的动机更加明显了。他总是避免在公众面前抛头露面。杰斐逊写信给门罗，希望能在返回蒙蒂塞洛途中与他在里士满一晤，同时还提醒对方不要惊动媒体。
“除了这些令人疲惫的繁文缛节以外，”杰斐逊告知门罗，“我相信，那些群情激昂的场合容易把我拖入新闻焦点，我还是避开为好。”他知道联邦党人一贯重视“公众秀”的政治威力，通过不断制造“增进民众参与热情的”集会来争取支持。不过，杰斐逊认为这类公众事件对于实现他雄心勃勃的目标来说，没什么必要，甚至可以说有害无益。
尽管杰斐逊的公众形象看上去很超然，但他的幕后政治活动却一刻不曾中断。特别是他与麦迪逊之间，两人就政治原则和争取党派优势的策略等问题进行着广泛地讨论。此时，联邦党内温和派与激进派就第二次巴黎和平使团及常备军议题产生了严重分歧，杰斐逊密切关注着两派间分歧不断扩大这一事态。他很清楚：亚当斯和马歇尔支持和平谈判，并且希望维持一支只为防卫目的而存在的军队；而汉密尔顿领导的联邦党激进派，却反对向法国作任何妥协，倾向于长期军备扩张。
杰斐逊认为，不能给争吵不休的联邦党人重新整合并再次坐大的机会。共和党应继续倡导与法国的和平协议，同时不能发表任何支持联邦党人在和平时期保持大量常备军的论调。杰斐逊还为共和党人的国内政策设定了大量参考指标。他对本党组织机构——上自联邦，下至县一级——都保持着浓厚兴趣。有一个明显的例子：他要求弗吉尼亚共和党主席印发库珀的《政治算术》。
对此次参选，杰斐逊做足了准备。他对各州的选举人会把选票投给谁洞若观火。这种本事，他颇为自得。他曾夸口，1796年那场总统选举，他的预言和最后结果只有一两票之差。不过，说到1800年的总统选举，杰斐逊似乎把握性没这么大，毕竟，要对共和党人目前所面临的机遇作一精确判断，稍显冒险。杰斐逊承认新英格兰地区是亚当斯的天下；西南部各州则属于共和党的地盘，当然，联邦党人在南北卡罗莱纳两州的攻势相当凶猛。他明白，选举的最终结果取决于中部大西洋沿岸各州。
杰斐逊收到了一份可靠的情报：宾州立法机构两院（联邦党与共和党各掌控其一）目前正陷入僵局，选举法无法获得一致认同。这样看来，该州成为了总统选举的中立地带。尽管来自新泽西州的共和党支持者带来了本党胜出的好消息，杰斐逊还是不打算立刻对竞选结果下结论。他把注意力转向纽约州，尤其是纽约市。在四月的选举中，纽约推选的州代表将决定哪个党能拿下本州，进而左右全国的选举形势。
事到如今，总统选举的命运，就放到了联邦党的汉密尔顿和共和党的伯尔这两个眈眈相向的纽约两大政治领袖手中。在这场战役中，伯尔展现出高超的组织才能；而后来的事实也证明，他所采用的策略，较之敌手更是棋高一招。当时，联邦党人在州代表大会上占据了大多数，汉密尔顿肩上的任务比伯尔轻松得多。然而，联邦党人在从纽约市向本州推举代表时，抛出了一份黯淡无光的候选人名单，这是一个致命的错误。与此同时，伯尔准确地掌握着共和党人的动向。联邦党候选人名单一公布，他便推出了令汉密尔顿沮丧、令本党同僚振奋的共和党候选人“豪华阵容”。这份名单上列出的都是独立战争以来那些最炫目的名字：前州长乔治·克林顿、利文斯通大法官，以及霍雷肖·盖茨将军。毫无悬念，伯里的竞选策略在纽约市奏效了。
汉密尔顿对这一回合的败绩非常愤怒。共和党候选人在纽约市取得胜利后，共和党在总统大选中拿下纽约州看来已是板上钉钉。汉密尔顿立即反击，请求州长约翰·杰伊召开一次州议会特别会议。汉密尔顿的设想是：联邦党人主导的代表大会仍在任上，那么州长便可要求议会采纳一个新的选举方案，以使总统选举避开共和党人占大多数的新一届代表大会，而让本州的各选区来投票选举总统，这样一来，联邦党人倒是胜算很大。
汉密尔顿不惜采取这样的非常之举来阻止杰斐逊获胜，因为，在他看来，杰斐逊的当选无异于一场灾难，他甚至将此与“波拿巴式的颠覆政府”相提并论。政治灾难的可怕前景没能说服杰伊，汉密尔顿又拿出另一套说辞，声称政府必须采取行动来“阻止这个宗教上的无神论者、政治上的狂热分子掌握国家大权”。然而，尽管汉密尔顿再三告诫，杰伊还是拒绝了上述方案。
纽约市的选举结果，已经使总统的宝座向杰斐逊张开了怀抱，同时也戏剧性地改变了伯尔在共和党内的政治命运。伯尔曾在1796年与杰斐逊双双提名总统候选人，但他似乎一直未能获得共和党领导核心的认同。杰斐逊本人也只在那次选举前与伯里见过一次面。1796年大选只是加深了伯尔对共和党南部派别的不信任。后者在共和党内占绝对优势。当时，只有一名弗吉尼亚选举人投票给了伯尔。
随着共和党在纽约市竞选中的辉煌胜利，伯尔的名字重新又醒目地出现在共和党副总统全国候选人名单上。共和党的众院领袖加勒廷曾征询过是由乔治·克林顿还是伯尔来与杰斐逊搭档的问题。而克林顿以年龄和健康原因为由，主动退出了候选者的行列。
伯尔本来完全有理由谢绝与杰斐逊搭档，因为，只要他选择参加下一任纽约州长竞选，这一职位非他莫属。然而，他也想让人知道，如果1，796年大选南部共和党人的不合作不再重演的话，他对副总统一职也是相当感兴趣的。只要他能得到本党的全体认同（包括弗吉尼亚选举人），他就乐于与杰斐逊联手参加全国竞选。在得到肯定的答复以后，在费城召开的共和党全国预备会上，伯尔与杰斐逊一起被正式提名为候选人。
与此同时，联邦党内正陷入一片混乱。他们夺取总统职位的希望，随着共和党在纽约市选举中大获全胜的消息而一落千丈。而在党内高层，亚当斯和汉密尔顿的矛盾日益加深。一年多来，汉密尔顿及其同僚不断抨击亚当斯向巴黎派出第二批和平使团的举措。看到亚当斯在派出外交代表团的问题上意图已决，而且还总想阻止党内激进派扩充常备军的要求，汉密尔顿对亚当斯谋求连任完全嗤之以鼻。
正如马歇尔曾经跟他兄弟詹姆斯讲过的那样，汉密尔顿试图呼吁联邦党人为亚当斯和平克尼提供平等支持，以达到削弱亚当斯竞选实力的目的。汉密尔顿的如意算盘是：除南卡罗莱纳之外的其他州，选举人能投给平克尼和亚当斯相同的票数；而在南卡罗莱纳，平克尼与杰斐逊平分票数，没亚当斯的份儿；那么，理想的结果便是平克尼击败亚当斯和杰斐逊，最终当选总统。
汉密尔顿坚持认为，这是一个迂回但绝对必要的计划，唯此方能防止国家大权落人亚当斯之手或者避开“杰斐逊的锋芒”。
摘自：《打造美国:杰斐逊总统与马歇尔大法官的角逐》·（美）西蒙
