上述条款针对的是土地权属争议案件，此类案件的性质很容易与土地侵权案件相混淆。对涉及土地所有权和使用权归属的案件的处理程序，大致形成了两种观点：１．认为只要涉及权属争议，就应一律遵循上述规定由政府先行处理，对于原告的起诉，要么不予受理，要么受理后驳回起诉；２．认为土地权属争议案件和土地侵权案件是两种不同性质的案件，应当根据当事人对涉案土地所持证书的不同情况区别对待，不能一概而论地全部适用上述条款。
笔者同意第二种观点，特举以下两个案例来说明。
案例１：１９９９年３月，依照国家有关文件精神，被告某市人民政府经过地籍调查，将一块土地确定为国家所有，并将其使用权确定给了本案第三人某村食品站，并为其颁发了国有土地使用证。２００２年初，原告某村民委员会提出了异议，认为原告才拥有该土地所有权，被告将该土地确定为国家所有不能成立，其为第三人颁发的证书应予撤销。被告答辩认为，未经政府先行处理，原告即提起行政诉讼违反法定程序。
案例２：１９８８年４月１５日，某汽车厂在荥阳县土地管理局领取了国有土地使用证，盖有荥阳县土地管理局印章，未盖县人民政府印章。１９９２年４月，某汽车厂扩建厂房，使用了属于其土地证范围内的２．４万多平方米的土地。
１９９５年１月１２日，原告某铁路分局依铁路用地图向荥阳市人民政府土地管理局申请并取得了国有土地使用证，盖有荥阳市人民政府土地管理专用章，土地面积４５３．９６亩，包括了被告某汽车厂扩建厂房所用的上述２．４万多平方米土地在内。
１９９５年９月２９日，原告向某铁路运输法院提起诉讼，请求判令被告交纳土地使用费、恢复土地原状。
被告某汽车厂答辩认为，双方的争议属土地使用权争议，应由土地管理部门处理，重新确权。
案例１的审理结果是：人民法院没有支持被告的主张，未将案件交土地管理部门先行处理，而是直接对案件作出了实体判决，撤销了原证书，限定期限要求政府重新确认权属。当事人未上诉，判决已生效。
案例２的审理结果是：一、二审法院均没有支持被告的答辩观点，未将案件交土管部门先行处理，而是直接对案件作出了实体判决。后高级法院提审，撤销一、二审判决，驳回原告的起诉，将案件交土管部门先行处理。
表面上看起来，两个案例都是涉及土地所有权和使用权归属的案件，但两个案件的性质及当事人持有证书的情况截然不同。
首先，从案件性质上看。只有一方取得证书、其它方认为侵犯自己合法权益提出异议的情况，性质上已经属于土地侵权案件，而不是单纯的土地权属争议案件了。所谓土地权属争议，是指两个以上单位或个人同时对未经确权的同一块土地各据理由主张权属，根据各方理由难以解决的土地权属矛盾。此概念只提到双方都没有证书的情况，双方都有证书的情况也应归属到该概念中去。此类案件应适用土地管理法第十六条，由政府先行处理。
而土地侵权案件，一般指一方已经进行了土地登记，领取了土地证书，其他人以各种理由和形式占用或进行干扰，影响权利人对该土地的正常使用。从已获得证书的一方讲，侵权之诉是民事案件，他可以要求排除妨碍，法院当然可以受理，这不是本文的着眼点。从没有获取证书的一方看，他有理由说政府的颁证行为侵犯了他的权利，至于是否真正侵权，要由法院实体审查来解决。因此，他可以申请撤销该证书，等法院将权利状态恢复到双方都没有证书的情况下，再以第十六条规定的土地权属争议的解决方式来获得处理。
其次，从当事人持有证书的情况上看。案例２中，原告与被告都先后取得了有权机关颁发的土地使用权证书，且被告证书中的地块包容了原告证书中的地块，等于在一块土地上设定了两个使用权；案例１中，第三人持有有权机关颁发的证书，原告并没有相应土地的使用权证，也就是说，一块土地只设定了一个使用权。
案例２中，行政机关的行为明显违背了物权法上的一物一权原则，其行为的错误是显而易见的，当事人双方发生争议是必然的，结果也只能是其中的一方最终获得使用权。在这种情况下，就不必动用司法资源，行政机关完全应当主动纠正自己的错误，即先行处理。当事人对处理结果不服，可以起诉。此外，还有一种双方都没有证书的情况，这种情况无甚争议，因为不交由政府先行处理则无可诉之行为。
案例１中，当事人中只有一方获得证书，该证书是行政机关通过严格的法定程序，对土地的所有权和使用权作出的确认，这种登记发证的具体行政行为，已经对外产生了物权法上的公信力，对当事人的权利义务则产生了有效影响。在未经法定程序变更以前，该行为应受充分尊重，并受法律的严格保护。公民、法人或其他组织认为该行为侵犯自己的合法权益，不排除其直接向行政机关提出申诉、行政机关主动纠正的可能。但在申诉与起诉之间，当事人完全可以自主选择，这种申诉不应成为异议人提起诉讼的前置程序。如果将此类案件一律交由政府先行处理，实际上也不会有明显的效果，因为行政机关是履行了严格的法定程序后才确认的权属，其主动纠正的可能性是极小的，事实上也没有法定的期限来制约行政机关及时作为，如果其久拖不决，异议人得起诉其不作为，法院得判决其一定期限内作为，行政机关作为了，异议人可能还得再起诉。转了一圈又回到了起点，这不是人为地给当事人造成讼累吗？既然性质上属于土地侵权，又有行政机关登记颁证之具体行政行为，法院何不直接受理，以求便捷高效地定纷止争、化解社会矛盾呢？
据此，如何界定土地案件的政府先行处理和法院直接受理，可以总结为“两看”：一看案件性质，属单纯土地权属争议的，政府先行处理；属侵权纠纷的，法院直接受理。二看当事人持有证书的情况，双方当事人都有证书或都没有证书的，政府先行处理；只有一方持有证书的，法院直接受理。
