原则一 尊重国家主权
ＷＴＯ成立以后，曾经发生过ＷＴＯ规则是对国家主权的限制，还是更加尊重主权的争论。从争端管辖的角度看，ＤＳＢ（争端解决机构）有强制管辖权，但ＷＴＯ不是凌驾于国家主权之上的组织，专家组和上诉机构更不是。不管有关主权的争论结果如何，在ＷＴＯ争端处理中，尊重国家主权依然是一个基本原则。受此影响，专家组在寻求证据时就不可能像国内裁判机构那样，强迫当事方提供证据。而专家组向某成员方境内人员或者机构寻求证据时，也应事先征得该成员方行政当局的同意才能进行。
原则二 遵守ＧＡＴＴ１９４７争端解决中已经确立的规则
ＤＳＵ ?《关于争端解决的规则和程序谅解》 总则中第３．１条规定：“各成员方确认遵循此前在依据ＧＡＴＴ１９４７第２２条和第２３条处理争端时所遵循的原则……”。在ＷＴＯ成立以后的争端解决实践中，多次提及在解决ＧＡＴＴ１９４７的争端解决中所确立的规则，并表示ＤＳＢ应当遵循这些规则。如在“美国·衬衫”案中，上诉机构在确认“引用例外条款的一方应证明该条款的条件满足”这一规则时，就引用了多个ＧＡＴＴ１９４７项下的案例。
原则三 遵循解释国际公法的惯例
ＤＳＵ总则中第３．２条规定：“ＷＴＯ争端解决机制在为多边贸易体制提供可靠性和可预测性方面是一个重要因素。各成员认识到该机制适于保护各成员在协定项下的权利和义务，并依照解释国际公法的惯例澄清这些协定的现有规定。”在缺乏具体规定的情况下，ＤＳＢ会考虑依用于解释国际公法的惯例来解释协定，并导出其实际适用的证据规则。例如，上诉机构认为在大多数法系和国际裁判机构中应用的“主张事实者应提供证据”的规则也应该在ＷＴＯ争端解决中应用。
原则四 迅速解决争端
ＤＳＵ总则中第３．３条规定：“在一成员方认为其根据相关协定直接和间接获得的利益正在因另一成员采取的措施而减损的情况下，迅速解决此类情况对ＷＴＯ的有效运转及保持各成员权利和义务的适当平衡是必要的。”争端迅速解决的重要性是不言而喻，在ＤＳＵ中详细规定了专家组和上诉机构的工作时间表，该时间表直接影响到当事方提交证据的时间安排。专家组和上诉机构在实践中也多次援引这一条款。
原则五 善意解决争端
ＤＳＵ第３．１０规定：“如争端发生，所有成员将善意参与这些程序以努力解决争端。”上诉机构曾经指出，善意原则是一般法律原则，也是一项国际法原则。ＷＴＯ争端解决程序不是为了鼓励诉讼技巧的发展，而是为了促进公平、迅速和有效地解决贸易争端，为此，起诉方和被诉方应善意遵守ＤＳＵ的原则。善意解决争端原则决定争端各方在提供证据和信息方面合作的义务。
原则六 遵循正当程序
满足正当程序的要求是在大多数法系和国际裁判中所遵循的原则。ＷＴＯ争端解决机构也多次援用这一原则。如在提供新证据时，应该给对方当事方留出足够的反应时间。
