根据《民事诉讼法》对管辖的规定，债权人申请支付令的案件，并不属于中级人民法院、高级人民法院以及最高人民法院的管辖，所以应当由基层人民法院来管辖。
　　债权人申请支付令，是针对债务人所提起的，即应当由被告住所地法院管辖。如果债务人是公民，则由债务人住所地的人民法院管辖，住所地与经常居住地不一致的，应由经常居住地人民法院管辖。
　　如果债务人是法人或者其他组织，则应当由债务人住所地法院管辖。法人的住所地是指法人的主要营业地或者主要办事机构所在地。对没有办事机构的公民合伙、合伙型联营体提起诉讼的，由被告注册登记地人民法院管辖。没有注册登记的，几个被告又不在同一辖区的，被告住所地的人民法院都有管辖权