为适应对外开放，加强口岸卫生检疫机构管理，经国务院批准，同意将全国口岸卫生检疫机构划归卫生部统一领导和管理；同意设置卫生部卫生检疫总所，对外称“中华人民共和国卫生检疫总所”，负责管理口岸卫生检疫日常工作；进出国境的食品的卫生监督、检验工作任务，划归口岸卫生检疫机构负责，实行1个窗口，统一对外。原有食品的卫生监督、检验机构，仍由地方管理，负责地方的食品的日常卫生监督、检验工作。
　　关于口岸卫生检疫机构的人员编制、经费、投资和分级管理等问题，待商劳动人事部、财政部、国家计委后办理。在上划工作未完成前，经费、基建投资仍按原有渠道安排；业务工作按原计划执行。为做好交接前的准备工作，要求各卫生检疫所在1987年10月份以前必须向卫生部报送1986年经费决算材料；1987年预算及拨款数；1987年8月的实有人数和编制数；自文到之日起冻结现有人员，除国家新分配的毕业生外，不再进人。